In FSC-gecertificeerde bossen worden zo min mogelijk bestrijdingsmiddelen gebruikt. In Duitsland is het gebruik van bestrijdingsmiddelen zelfs teruggedrongen, omdat het aantal FSC-gecertificeerde bossen is toegenomen. Het bos wordt op alternatieve, natuurlijke wijzen beheerd. Zo is het bijvoorbeeld van belang op welk moment hout uit het bos weggehaald wordt om de kans op aantasting zo laag mogelijk te houden. Een ander voorbeeld van natuurlijk beheer is het terugdringen van grassen. Wanneer er minder gras groeit in een bos, is de leefomgeving minder aantrekkelijk is voor woelmuizen. Er hoeven minder pesticiden gebruikt te worden om woelmuizen te bestrijden. Zo werkt FSC aan een natuurlijke en gezonde leefomgeving in de bossen.